Vipavska dolina leži v zahodni Sloveniji. Na severu je dolina obkrožena z Nanoško planoto, planoto Hrušica, Trnovsko planino, na jugu pa z Vipavskimi hribi. Na zahodu se dolina konča z Goriško ravnino, kjer meji z Italijo. Območje doline znaša 310 km2. Naseljuje ga 63.052 prebivalcev s povprečno gostoto prebivalstva 203 ljudi na kvadratni kilometer.

Podnebje Vipavske doline je submediteransko, s tipično blagimi zimami in relativno vročimi poletji. Povprečni letni padec dežja je približno 1500 mm, z viški padavin v spomladanskem in jesenskem času. Na Vipavsko dolino nenehno vpliva izmenjava toplega, vlažnega jugozahodnega vetra in hladnega severovzhodnega vetra, ki se lokalno imenuje Burja.

Geološko v dolini prevladuje eocenski fliš. Po celotni dolžini doline teče reka Vipava z vsemi svojimi pritoki. Od zgornjega dela potoka Močilnik pod vasjo Razdrto do državne meje meri 44 km. Po petih kilometrih rečne struge v Italiji se Vipava izliva v reko Sočo. Leta 2004 je bila Vipava s svojo neposredno okolico razglašena za območje Natura 2000. To območje je tudi območje projekta in predstavlja 0,05% površine celotne doline. V okviru območja Natura 2000 (Dolina Vipave) se ohranjajo habitati naslednjih vrst: primorska podust (Chondrostoma genei) , hribski urh (Bombina variegata) , močvirski krešič (Carabus variolosus fabricius) , veliki studenčar (Cordulegaster heros) , laška žaba (Rana latastei) , laški potočni piškur (Lethenteron zanandreai) , primorska belica (Alburnus albidus) , mazenica (Rutilus rubilio) , grba (Barbus plebejus) , pohra (Barbus meridionalis) , navadna nežica (Cobitis taenia) , kapelj (Cottus gobio) , ozki vretenec (Vertigo angustior) , navadni škržek (Unio crassus) , strašničin mravljiščar (Maculinea teleius) , močvirski cekinček (Lycaena dispar) , travniški postavnež (Euphydryas aurinia) , črtaski medvedek (Callimorpha quadripunctaria) , barjanski škratec (Coenagrion ornatum) , močvirska sklednica (Emys orbicularis) , vidra (Lutra lutra) , rogač (Lucanus cervus) , veliki pupek (Triturus carnifex) . Zavarovan je tudi en habitatni tip, in sicer ilirski hrastovi gabrovi gozdovi (Erythronio-Carpinion) .

Reka Vipava je tipični kraški vodotok s tremi glavnimi kraškimi izviri po imenu Vipava, Hubelj in Lijak. Nikoli se ne posuši in ima zmeren hidrološki režim. Vipava s svojimi pritoki teče pretežno po gramoznem substratu, ki je primeren za razmnoževanje mnogih vrst rib. Kemijsko stanje površinskih voda v dolini je »dobro«. Povprečna temperatura vodepa je med 12 °C in 24 °C. Reko Vipavo naseljujejopretežno ciprinidne vrste rib z znatnimi populacijami salmonidnih vrst v zgornjem toku reke.Prehod med salmonidi in ciprinidi je značilen za srednje odseke nižinskih vodotokov z zadovoljivo kvaliteto vode. Te habitatne karakteristike ustrezajo tudi habitatnim zahtevam primorske podusti.